Действительно налоговые органы часто списав со счета задолженность не спешат разблокировать счет.
В этом случае необходимо написать в свою обслуживающую налоговую письмо в свободной форме о том, что суммы долга списаны с р/с организации. "Просим Вас отменить решение о приостановлении операций по расчетному счету".
Однако, возможны и другие причины, по которым налоговый орган не снимает арест со счета. В большинстве случаев причина в не сданной декларации. Могут быть и другие причины, например Вам приходило Требование, на которые Вы не ответили. Это также является поводом для ареста по счету.
Так или иначе в этом вопросе необходимо разобраться, самостоятельно или с помощью специалиста.