В API ВКонтакте такая возможность вроде бы отсутствует, соответственно, нет, восстановить удалившиеся сообщения нельзя. Однако если у вас были настроены оповещения на почту, сообщения можно найти там (но, само собой, только входящие).
Используя VK api можно написать скрипт, например на python. Там есть есть функции которые восстанавливают сообщения. Писал эту программку когда то:)