Если зададите в Яндекс Вебмастере "сайт не имеет региональной принадлежности", то сайт будет преимущественно ранжироваться по информационным запросам. Частично по коммерческим, т.к. даже без указания региональности в Вебмастере поисковая система сама попытается определить региональность сайта, согласно данным на странице, например, "Контакты" и содержимому контента на сайте, но определение региональности в этом случае не всегда точное.
Для продвижения и получения высоких позиций в поисковой системе Яндекс по коммерческим запросам в городах, где размещены ваши офисы, обязательно определить региональность вашего сайта. Один из вариантов это сделать - указать в кабинете Яндекс Вебмастера.
Если вы выберите регион "Россия", это не значит, что сайт будет ранжироваться по коммерческим запросам по всем городам России. Яндекс вообще неоднозначно определяет региональность по данной настройке.
Поэтому да, для основного домена лучше выбрать конкретный "Город", а затем для остальных городов создавать "Папки" или "Поддомены".
Для ранжирования сайта по коммерческим запросам необходимо указывать регион продвижения. Сделать это необходимо в Яндекс.Вебмастере, дополнительно необходимо регистрация в Яндекс.Справочнике и Гугл.Бизнесе
Указание в региональности "Россия" или "не имеет рег. принадлежности" - как правило работает лучше для информационных ресурсов