Если организация на НДС, но платит коммунальные услуги без НДС. Как она должна выставить к возмещению суммы свой НДС сверху или НДС в т.ч.?

Добрый день.

НДС сверху, конечно же. Поясню на примере:

Вы заплатили 1000 руб за электронергию и отразили в учете проводки Дт 44 Кт 60 (76) и потом Дт 90 Кт 44 - 1000. Далее Вы перевыставляете эту сумму к возмещению с НДС. Если Вы выставите эту же 1000 руб, включив в нее НДС, то проводки будут Дт 62 Кт 90 1000, Дт 90,3 Кт 68 - 166,67 руб. По дебету 90 счета у Вас будет сумма 1166,67 руб. То есть Ваши затраты превысят сумму к возмещению.

А выставив сумму НДС сверху, Дт и Кт сойдутся

Подробности см. в материале "Как исчисляется НДС при возмещении расходов".