Если женщина на 7-9 месяце беременности умирает вместе с плодом, производят ли его вскрытие? Или причиной смерти считается гибель матери?

Да, обязательно.

Более того, согласно приказу "О порядке проведения патологоанатомических вскрытий" отменить данное вскрытие нельзя, несмотря на волеизъявления пациентки и заявление родственников.

Исследование всегда проводится полное. Смерть беременной - это в общем-то не рядовая ситуация. Поэтому и беременная, и плод, и плацента исследуются в полном объеме.