Если добавляете агара слишком много, то ему просто не хватает "места", чтобы целиком раствориться, крупинки агара сами себе мешают и теснятся. Попробуйте класть меньше - даже если маловато будет, то всегда можно разогреть и добавить ещё. Главное - без фанатизма. :)
Возможно все дело в качестве и сроке годности вещества. Еще крупинки (или комочки) иногда возникают при большой концентрации агара в используемых пропорциях.