Корневые клубеньки возникают на корнях бобовых растений из-за азот-фиксирующих бактерий (грамотрицательные ризобии). Эти бактерии обитают и размножаются внутри клубенька, принося пользу растению, поскольку фиксируют азот из воздуха и обогащают им почву (то есть переводят недоступный растениям азот в удобную для питания форму) . В клубеньках бобовых, свободный атмосферный азот восстанавливается до аммония, который затем ассимилируется, входя в состав органических соединений. При это образуются аминокислоты (мономеры белков), нуклеотиды (мономеры ДНК и РНК, а также важнейшая молекула обогащённая энергией — АТФ), витамины, флавоны, и фитогормоны (ц).
Поскольку растение предоставляет бактериям место для размножения, такой союз азот-фиксирующих бактерий и бобовых представляет собой истинный симбиоз, взаимовыгодное сотрудничество.