Вашим доходом, облагаемым налогом, считают одну, но наибольшую сумму:
В данном случае продажная цена больше. Поэтому ваш доход это 100 000 руб. При расчете налога вы вправе его уменьшить на имущественный вычет для продавцов недвижимости - 1 000 000 руб.
В вашей ситуации доход от продажи меньше вычета. Поэтому дохода, облагаемого налогом, нет. Нет дохода - нет налога. Но декларацию по налогу (форма 3-НДФЛ) вы обязаны сдать в налоговую инспекцию в любом случае.