В соответствии с Гражданским кодексом, может ли компенсация за причинение вреда имуществу быть выше за счет причинения морального вреда его владельцу?

Если вред понес за собой ущерб например от упущенной выгоды, то да. Детально ознакомиться с со статьей 1064: Общие основания ответственности за причинение вреда http://stgkrf.ru/1064 можно по ссылке. Перейдите по ссылке, там все очень детально расписано и о физических и о юридических лицах.