Это можно сделать с помощью ABBYY FineReader. Открываем документ в этой программе, просто перетаскиванием или через меню Файл. Далее нажимаем кнопку "Редактировать", находим пункт "Яркость и контрастность" выставляем приемлемый уровень (немного яркости и остальное увеличением контрастности) и применяем ко всем страницами (выбрать в выпадающем списке).