Болгарский перец противопоказан при обострении гастрита, язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки, гастрите с повышенной кислотностью, при энтероколитах, геморрое, хронических заболеваниях печени и почек. Также временное ограничение на потребление болгарского перца вводится при острых инфекциях желудочно-кишечного тракта (вирусных: ротавирус, норовирус и др, бактериальных: сальмонеллез, дизентерия), пищевых токсикоинфекциях (отравлениях).