Причины анэмбрионии еще недостаточно изучены учеными. Считается, что чаще всего беременность нарушается по генетическим причинам, также на эмбрион могут повлиять вирусные и бактериальные инфекции, радиация и токсические вещества, гормональные нарушения, а также вредные привычки родителей, например, курение или употребление алкоголя.