Лучше всего использовать питьевую соду с добавлением эфирного масла цитрусовых или слабый раствор столового уксуса. Это экологично и безопасно. Обратите внимание на натуральный яблочный уксус - он еще и обладает отпугивающим действием. Есть препараты, расщепляющие белки (энзимы), они продаются в зоомагазинах.
А вот средства на основе хлорки и нашатырного спирта плохо убирают запах кошачьей мочи.