Можно и так делают, предварительно устранив все отверстия в плитах и, в идеале, заказав рассчёт перепланировки для согласования в БТИ, т.к. стяжка увеличит нагрузку на перекрытия, что в самом плохом случае может привести к обрушению конструкции, если речь, конечно, не о первом этаже.