Это примеси из воды. При нагреве выпадают в осадок и копятся в чайниках в виде накипи. В микроволновке, в отличие от чайника, не оседают, а всплывают, потому что:
Если выпить, не отравитесь. Хотя можно и пофильтровать.
Кстати, если чай из пакетика, то бумага как раз выступает фильтром и запускает процесс оседания.