HTML для того, что бы браузер смог "нарисовать" сайт. Это язык разметки, а не программирования.
PHP он для генерации html. Скажем, сейчас я допишу этот ответ и нажму "ответить". Дальше мой ответ будет обработан с помощью php (если этот сайт написан именно на этом языке, но это уже детали), с помощью php ответ будет записан в базу данных, а потом, опять таки с помощью php "вытащен" из базы данных и сгенерируется эта страница, на котором будет ваш вопрос и мой ответ.
Python, C# и Java языки немного сложнее php. Если последний нужен тупо для генерации сайтов, то у этих трех языков множество различных применений. На них тоже можно написать сайт, но вместе с этим и игры, компьютерные программы, приложения и тд. На Java еще пишут аппликации для android.
Что именно выбирать - дело вкуса и нужды. В принципе, это далеко не важно. Важно понимать логику, уметь думать и желание учиться. В школах и университетах обычно изучают сначала C (как функциональный язык программирования), а потом Java, как обьектно-ориентированный язык программирования (ООП).
Но все таки для самостоятельного изучения я порекомендовал бы начинать с Python. Он довольно легкий, написан так, что бы любую вещь можно было сделать одним единственным верным способом и (самое главное) учит писать код красиво. И не начинайте с php. Это довольно спецефичный язык, который довольно отличается от остальных. Хотя, если вы хотите начинать зарабатывать уже через месяца два, то этот язык для вас.