Да, местоимения склоняются по падежам и у них есть падежные окончания так же, как и у других частей речи. Просто они не очевидны, и в некоторых падежах уникальны. Например в родительном, винительнм и предложном - окончание "ас". А вот сходство окончаний падежных форм местоимений 1-го, 2-го лица с окончаниями существительных вполне можно проследить.
Поскольку местоимения изменяются при склонении, то окончания у них есть. Просклоняем местоимение "я": я - нулевое окончание; мен-я; мн-е; мен-я; мн-ой; обо мн-е.