Разберем эти фамилии по звукам и сравним.
Пушкин:
[п] - согласный, твердый, глухой, парный
[у] - гласный, ударный
[ш] - согласный, твердый, глухой, парный
[к'] - согласный, мягкий, глухой, парный
[и] - гласный, безударный
[н] - согласный, твердый, звонкий, непарный
Шукшин:
[ш] - согласный, твердый, глухой, парный
[у] - гласный, безударный
[к] - согласный, твердый, глухой, парный
[ш] - согласный, твердый, глухой, парный
[ы] - гласный, ударный
[н] - согласный, твердый, звонкий, непарный
Теперь видим, что в фамилии Пушкин есть звуки, которых нет в фамилии Шукшин: [п], [к'] и [и]. В фамилии Шукшин есть звук [к], но там он твердый, а значит, другой.