Я не аттестован по двум предметам в институте (1 курс), что за это будет и как вообще на это реагировать?

Неаттестация по предмету - это невозможность проставить итоговую оценку, так как количество оценок не достаточно.

Получите необходимое количество оценок и вас аттестуют.