Вопрос довольно объемный
Было много исторических обид и территориальных споров во союзных республиках. После Второй Мировой Войны Тито формально разделил Югославию на национальные республики, не взирая на то что население в них было весьма причудливо перемешано. И продолжало перемешиваться во время правления Тито(как например массовый приход албанцев в Косово и государственная политика вытеснения сербов оттуда)
В конце концов каждый народ посчитал нужным иметь свое отдельное национальное государство, но далеко не все граждане были согласно жить в чужой стране и быть бесправным меньшинством как например сербы в Далмации и Вуковаре(Восточной Славонии и Западном Среме), хорваты в Боснии, албанцы в Македонии.
Все начали предъявлять свои права на территории по факту исторической принадлежности.
На это все наслоилась национальная нетерпимость и вспомнились давние обиды о том кто кого притеснял. Эти ревизионистские настроения активно пропагандировались новыми республиканскими властями и интеллигенцией.
Не сказать бы что война прекратилась совсем.
Сегодня она продолжается в холодной фазе, в торгово-экономической сфере. Лидеры стран продолжают активно перебрасываться острыми заявлениями в адрес соседей, имеет место факт гонки вооружений. Хорватов и косовских бандитов снабжают из НАТО, а сербам кидает подарки РФ в виде ПВО комплексов, самолетов, вертолетов и танков.