Из-за турков и австрийцев. Сначала приперлись турки и насадили свое мусульманство.
Ну а потом Австровенгрия распалась, и католиков-хорватов заставили жить в одном государстве с мусульманами и православными.
И понеслось...
К слову, в время второй мировой хорваты были на стороне Германии, и в это время специально для находящихся в концлагерях сербов придумали "сербосек" = специальный нож для убивания сербов. У них даже соревнования были кто зарежет больше сербов за определенный промежуток времени. Разумеется, этим занимались не все хорваты поголовно, но сербам от этого легче не стало. Впрочем, сербы к хорватам относились не менее "нежно".