В Японии, где придумали это мороженое добавляют черное кунжутное семя, и достаточно в большом количестве. У нас в России отдают предпочтение углю и орехам.
Скорее всего чернила каракатицы, но так же можно использовать и пищевые красители их сейчас очень много, но многое зависит от технолога и себестоимости продукта. Если есть желание приготовить самому тогда используйте чернила каракатицы.