Нашел по этому поводу интересную старую (2004) статью. Вот выдержка из неё:
" 1.Ядерное оружие Украины после распада СССР
Анализируя количественные параметры ядерного оружия, доставшегося Украине после распада СССР, следует обратиться к их стратегической составляющей. Это связано с тем, что именно стратегическое оружие, расположенное на Украине, стало предметом политического торга1.
В 1991 г. Украина стала третьим крупнейшим ядерным государством в мире после США и России, располагая более 1900 ядерными боезарядами для стратегических ракет. На территории республики размещались две крупнейшие в СССР базы межконтинентальных баллистических ракет, имелись новейшие самолеты Ту-160.
Однако, унаследовав столь грозный потенциал стратегических наступательных вооружений (СНВ), Украина, тем не менее, не унаследовала контроля над ним. Как отмечается авторами книги "Ядерное оружие и республиканский суверенитет", согласно заявлениям авторитетных лиц, включая Президента СССР, СНВ находились под постоянным и весьма надежным контролем центрального руководства (СССР. — Д. Р.). Решение о применении ядерного оружия, включая стратегическое, могло быть принято только на самом высшем уровне и только коллегиально2.
Если механизм принятия решений о применении ядерного оружия в СССР был построен на основании данной схемы, то любые попытки военно-политического руководства независимой Украины по установлению контроля над частью СНВ, расположенных на территории этой страны, заведомо были бы обречены на провал. Тем не менее такие попытки сделаны были."
---------------------------
http://www.evolutio.info/content/view/701/55
--------------------
Если говорить про организационную структуру - то в 1970-1998 существовала 43-я ракетная Краснознамённая армия со штабом в г.Винница.
Ту-160, дислоцированные на территории УССР входили в состав 184 тяжелого бомбардировочного авиаполка, Ту-95МС - в состав 1006-го тяжёлого бомбардировочного авиаполка.
Стратегические ядерные силы, дислоцированные на территории Украины, насчитывали 176 межконтинентальных баллистических ракет и около 2600 единиц тактического ядерного оружия. На 1 июня 1996 года на территории Украины не осталось ни одного ядерного боезаряда или боеприпаса.
Слава богу.