Воду из него можно убрать такими осушителями как оксид кальция, безводные сульфаты магния или кальция. В идеале потом глицерин нужно перегнать в вакууме, но можно попробовать и просто профильтровать (это будет трудно и идеально сухого глицерина не получится). Профильтровать при вакуумировании будет несколько проще.