Две главные книжки на эту тему:
Раз:
King, Gary, Robert O. Keohane, and Sidney Verba. Designing social inquiry: Scientific inference in qualitative research. Princeton University Press, 1994.
Два:
Geddes, Barbara. Paradigms and sand castles: Theory building and research design in comparative politics. University of Michigan Press, 2003.
Прочтите их, и будете примерно понимать, какой инструментарий нужен. Кроме того, полезно читать или хотя бы бегло просматривать научные журналы. Например, American Political Science Review, World Politics, American Journal of Political Science, Journal of Conflict Resolution, Journal of Peace Research, International Organization, Journal of Politics, International Studies Quaterly.
Ещё полезно прочитать какой-нибудь простой учебник по статистике или пройти на Coursera или EdX что-нибудь типа Introduction to Statistics.
Максим, спасибо большое. Но неужели нет подходящей русскоязычной литературы?