Пространство - это вакуум. Большая часть объема атома - это вакуум. Вы смотрите на стену, она кажется твердой, но на самом деле 99,999% этой стены - это в буквальном смысле пустота. Потому что расстояния между атомами гораздо больше размеров самих атомов. Вы не можете пройти сквозь стену только потому, что атомы Вашего тела электромагнитно взаимодействуют с атомами стены.
Пространство между электронами - тут вообще непонятно, что имеется в виду. Один электрон находится в Москве в атоме кремния, другой - на Марсе, в атоме железа. Что между ними? Да много чего :)