С известковым налетом, например, в чайнике, отлично справляется уксус, добавленный в воду при кипячении. Вскипятить во фляжке будет проблематично, но вы можете попробовать вскипятить воду с уксусом в чайнике и после закипания сразу же наполнить флягу и дай ей постоять некоторое время. Должно помочь!