Это очень хороший вопрос, ответ на который я сама до конца поняла совсем недавно! Мне кажется в школе нас всех с этим очень сильно запутали (вероятно по незнанию). У меня всегда было представление, что доминантные и рецессивные гены как-то специально помечены, чтобы организм отличал одни от других, но на самом деле, как это ни странно, все гораздо логичнее.
Как вы знаете, у нас существует 2 копии всех генов (кроме тех, что в Y хромосоме у мужчин). Одна копия наследуется от мамы, вторая — от папы. При этом конкретные гены в двух копиях могут быть как идентичными, так и отличатся.
Выберем какой-нибудь признак для примера. Допустим карие глаза (всё то же самое верно для любого другого признака). Такие глаза — это глаза пигментированные, в отличие от голубых, непигментированных глаз. Допустим за выработку пигмента ("хорошего" белка) отвечает один ген (на самом деле нет, и именно поэтому правильно говорить о доминантном и рецессивном фенотипе, а не гене). "Голубой ген" пусть тоже кодирует белок, но он "плохой" и не работает как пигмент.
Пусть в одной копии хромосомы у вас ген, кодирующий "хороший" белок, а во второй ген, кодирующий "плохой". По определению, тот фенотип который у вас и является доминантным. Как это происходит?
Все процессы молекулярной биологии являются вероятностными. То есть когда приходит время для синтеза какого-то белка, то с пятьюдесятью процентной вероятностью для этого будет использована копия гена 1, а с пятьюдесятью процентной — копия гена 2. Это приводит к тому, что концентрация двух типов белков "хорошего" и "плохого" в организме будет 50/50.
И собственно вопрос очень простой: хватает ли синтезируемого количества "хорошего" белка для окрашивания глаз в карий цвет (то есть проявления интересующего нас фенотипа) или нет? Если такого количества хватает, то карие глаза доминантный фенотип, если пигмента не хватает, карие глаза мы назовем рецессивный фенотипом.
Вот и всё. Так просто.
В реальности карие глаза это доминантный фенотип.
Доминантный ген читается организмом, как «правильный» априори. Он скрывает рецессивный ген, не даёт его считывать ,перекрывая. Собственно, от этого и следуют названия. Куда интереснее, как организм воспринимает какой из двух рецессивных генов будет воспринят. Эдакая русская Рулетка))