Есть программы для загрузки сайтов, например Offline Explorer или Teleport Pro.
Можно использовать консольную программу wget http://gnuwin32.sourceforge.net/packages/wget.htm , с помощью комманды wget -r -k -l 7 -p http://site.com/ можно скачать http://site.com
Может что-то загружается через Flash или Javascript. Такое может быть