По моему мнению, самая лучшая серия - 103-я, "Blue Cat Blues" (Блюз грустного кота), она же самая грустная и самая нестандартная. Она про то, как Том сидит грустный на железной дороге, а закадровый голос Джерри (озвучивал Пол Фрис, наравне с Мелом Бланком считается легендой озвучивания) объясняет, что Том подавлен из-за истории с девушкой.
В детском возрасте и во взрослом периоде серия воспринимается по-разному. Дети увидят только забавные калечения Тома, а взрослые увидят в этом что-то чуть более знакомое, но грустное. (и придадут значения гудкам ж/д поезда в конце)
Также отмечу самые трогательные серии:
У меня также имеется своеобразная традиция смотреть короткометражку, связанную с Томом и Джерри, если только косвенно - "Good Will To Men" (Завещание всему человечеству). Ремейк мульта 1939 года, имеющая более правильную и более пугающую окраску, нежели оригинал. Про то, как церковный пожилой мышь рассказывает мышатскому хору о том, кто такими были люди и почему они вымерли, оставив за собой руины и список правил, которым не следовали.
Практически любая из них может таковой считаться, однако существуют отдельно прекрасные серии. Соглашаясь с ответом выше, отвечу, что в этот маленький список можно добавить оскароносные серии 1940-х годов, например, "The cat concerto", или на русском "Концерт для фортепиано с котом", в котором Том играет на рояле, в котором живёт Джерри, "Венгерскую рапсодию" Листа.
97 серия "Это моя мама". Не буду утверждать, что лучшая, но одна из любимых точно. В ней показывается история привязанности маленького, только вылупившегося, утенка к Тому. Утенок принимает Тома за свою маму, а тот, в свою очередь, решает приготовить из утенка обед.
Не буду спойлерить, мало ли кто не видел, но серия очень трогательная, особенно концовка.