Какая проблема раскрывается в романе «Мастер и Маргарита»?

Я бы ответила так - книга Булгакова раскрывает очень важную проблему : об устройстве Мироздания. В частности, про то, как действует Мировое Зло в лице мессира Воланда, явившегося на Землю в Москву искать королеву для своего бала. И вот ему попадаются люди, с которыми он расправляется; но это, как правило - взяточники ( Никанор Босой), пьяницы ( Стёпа Лиходеев), бюрократы ( говорящий костюм Прохор Петрович) , Фомы неверующие ( Берлиоз), скупердяи ( буфетчик Соков), любительницы лёгкой наживы ( женщины на сеансе разоблачения), доносчики ( Алоизий Могарыч) То, что творит с ними Воланд, есть не зло, а кармическая справедливость по мнению писателя. Когда же Воланд сталкивается с Мастером и Маргаритой, он наоборот, дарует им вечный покой.

Вторая проблема - господствующей в обществе идеологии, отрицающей всё божественное и сверхъестественное. С этого и начинается роман - с беседы Берлиоза и Бездомного с Воландом, которому те говорят, что нет ни Бога, ни Дьявола. Дьявол, по сути, предъявляет тем доказательство своего существования, тем, что рассказывает Берлиозу его ближайшую судьбу и объясняя, что человек порой " не просто смертен, а внезапно смертен"! Но это - что касается Дьявола, а Бога? И тут мы сталкиваемся с весьма существенной линией романа - Иешуа Га-Ноцри ( Христа) и Понтия Пилата. Ведь Мастер потому и пострадал, что попытался ( далее словами критика Латунского) "протащить в печать апологию Иисуса Христа"., которого это общество активно отрицает, почему и определило Мастера в психиатрическую больницу. Воланд как-то показывает Берлиозу и Бездомному ( а последнему - ещё и дальше в больнице) историю Га-Ноцри на балконе Пилата, предъявляя ещё одно доказательство существования Бога ( живое и наглядное). Бог и Дьявол есть, утверждает писатель своим произведением - кто бы что ни думал.

Ну, и конечно, третья проблема - это тема любви Мастера и Маргариты, которые расстаются, потом вновь воссоединяются и в итоге получают посмертие в виде "вечного покоя". Тема "вечного покоя" вместо Рая или Ада наверняка волновала писателя-Мастера, который также хотел такого покоя со своей Еленой ( считается, что Маргариту Михаил Булгаков писал со своей любимой Елены).