Разница в чистоте, а именно в содержании сивушных масел, обеспечивающих особые вкусовые качества самогона, а также метанола, уксусного альдегида и прочих соединений, помимо спирта и воды.
Хорошая водка, изготовленная из спирта "Альфа", намного менее вредна, чем самогон. Хотя, если готовить самогон с помощью ректификационной колонны, можно получить уже не собственно самогон, а весьма чистый спирт, приближающийся по качеству к медицинскому или "Альфе".
Также разница во вкусовых качествах. Вкус самогона определяется сивушными маслами и ароматическими веществами, которые содержались в сырье для браги. Вкус водки определяется различными вкусо-ароматическими добавками, которые всегда вводят в состав напитка: настои злаковых, трав, пряностей, ягод, мёд и многие другие.