Официальной теории нет и, как мне кажется, не будет. В комиксе про вирус было сказано пару слов, и то было враньем. Но есть теория о том , что заболевание является результатом военных разработок в области биологических исследований
В сериале, а именно в 6й серии 1го сезона команда Рика приезжает в центр вирусологии, где встречает Эдвина Дженнера - одного из тех кто знает что-либо о вирусе.
Там он говорит, что "прошло 194 дня с тех пор , как объявили о пожаре, и 63 дня с тех пор, как болезнь резко приняла глобальные масштабы". Неизвестно, что за пожар имелся ввиду, но если же в одной строке Дженнер упомянул и о болезни, то становится ясно, что речь шла о пожаре в лаборатории, вероятно, в самом ЦКЗ. Однако то, что произошел пожар и инфекция вышла наружу еще не говорит, что происхождение болезни не является природным. Возможно, заболевание было обнаружено где-нибудь, и штаммы были доставлены в лаборатории.
Сам Киркман(создатель комиксов по вселенной Ходячих мертвецов) говорил, что никогда не раскроет причину появления вируса... А потом анонсировал сериал "Бойтесь ходячих мертвецов", где будет рассказано о том, из-за чего все началось :/
P.S. "Бойтесь ходячих мертвецов" я не смотрел, поэтому ничего не могу сказать про них, но раз официального ответа по прежнему нет, значит все самое интересное впереди...