Применение методологии Поппера на практике к реальной истории науки, по мнению некоторых философов, показало её ограниченность.
В. В. Бартли указывал на опасность «порочного круга», возникающего в случае применения принципа фальсифицируемости по отношению к самому принципу фальсифицируемости — если он нефальсифицируем, то не является научным суждением; если же он фальсифицируем, то неясны основания подобной фальсификации.
Кроме того, требование немедленно отбрасывать теорию, как только она встречается с опровержением некоторой части её выводов, не согласуется с реальной практикой науки — научное сообщество часто вынуждено сохранять даже опровергнутую теорию до создания более успешной