Если говорить именно про популярные, то, конечно, Саске/Наруто. Именно этот пейринг получил бОльшую реакцию. Будь то шутки или реальное шипперство с созданием фан. материала. Далее идут канонные Наруто/Хината, Наруто/Сакура. Далее наверно идет множество разнообразных более менее обоснованных пар, но уже не таких популярных