Добрый день!
Индивидуальный предприниматель - это статус физического лица, следовательно, риски он несёт как физическое лицо и отвечает по своим обязательствам всем принадлежащим ему имуществом (ч. 1 ст. 24 ГК РФ). Франчайзеры (владельцы франшизы), как правило, рекомендуют своим франчайзи открывать ИП, для того чтобы проще было воздействовать и легче привести к ответствнности - как раз потому что ИП отвечает своим иммуществом.
Участник ООО по обязательствам юридического лица не отвечает и несёт риск убытков в пределах своей доли (ч. 2 пункта 1 статьи 87 ГК РФ). В случае возникновения каких-либо разногласий франчайзи-учредитель ООО не подвергает риску, принадлежащее ему (как физическому лицу) иммущество. Исключение - преднамеренность действий, которые привели к последствиям.
Как дополнительное преимущество ООО - статус, так как многие крупные компании не доверяют ИП, в связи с большим количеством мошеннических действий.
Процедура регистрация и закрытия ИП происходит быстрее и менее затратно, чем регистрация и ликвидация ООО. По части налогообложения ИП может выбрать патентную систему (наиболее простую), что недоступно для ООО. При определенных условиях применение патентной системы налогообложения является выгодным.
Из всего вышеперечисленного можно сделать такой вывод, что для франчайзи ООО будет наиболее безопасным, а ИП - наимболее простым. Я всегда рекомендую предварительно проверить франшизу перед покупкой - как минимум отдать договор на аудит юристу, а лучше сделать полный анализ. В последние годы моя команда встретила огромное количество франшиз-пустышек.