сначала, скорее всего, по порядку. позже, когда некоторые маршруты упраздняются - остаются "свободные числа" и начинает казаться, что какой-то очень важный дядя в этом городе просто ненавидит число 48.
У нас в Сочи от 1 до 99 — основные маршруты по центру. От 100 до 199 — по между районами Большого Сочи (Адлер, Лазаревское и тому подобное). А от 200 — междугородние. Это насколько я знаю.
По моему это также зависит от города.
Например в Корейских городах у автобусов 4 основных цвета: жёлтый, синий, красный и зелёный. Номера у них совпадают. И скорее номер даётся по важности маршрута. Главный - 1 , менее важный и/или почти невостребованный - 343).