Если конкретно софт, то лично я использую: Google Chrome, Direct Commander, Key Collector, Google Web Designer, Excel.
Если вы имеете ввиду ещё и сервисы, то в дополнение к вышенаписанному: Я.Метрика, Я.Аудитории, Serpstat, Roistat, Calltouch.
Плюс плагины для Chrome: Yandex Wordstat Assistant, иногда RDS Bar.
Мы попробовали к50, aori, мерилин, стандартные от Яндекса и даже еламу. И...нам ничего не подошло, поэтому написали свою Ягоду. Или ценник заоблачный или нет нужных функций, или криво работают. Если сравнивать все вышеперечисленные, то к50, на мой субъективный взгляд, лидирует.