Разница, можно сказать, принципиальна. Начиная со свойств, заканчивая концентрацией оных в спиртовом растворе (Вы ведь именно его имеете в виду?).
Все они, как уже сказали, относятся к антисептикам и дезинфецирующим средствам.
Так, спиртовый раствор бриллиантовой зелени (читай зеленка) эффективен в отношении грамм положительных бактерий.
Спиртовой раствор йода (йод в спирте и еще и калий-йод, либо же повидон-йод) активен в отношении бактерий, грибов, вирусов, простейших. Образует с белками клеточных бактерий, либо ферментов, йодамины, что ведет к гибели м.о. Помимо всем известной лекарственной формы в виде раствора может быть мазью, вагинальными супозиториями и таблетками, частью состава мыла.
Метиленовый синий / метилтиониния хлорид (синька после такого звучит даже оскорбительно, да?:D ) - помимо антисептических свойств является так же неплохим антидотом. Антисептический эффект обусловлен взаимодействием с мукополисахаридами и белками микроорганизмов. Обладает антидотными свойствами по отношению к анилину, калия перманганату, синильной кислоте. Помимо спиртового раствора для наружного применения, вводится внутривенно, если играет роль антидота, иногда парентерально.
Да и вообще разные микроорганизмы чувствительны к различным веществам.
Йод - это спиртовой раствор йода. Зеленка - спиртовой раствор бриллиантового зеленого. Синька - раствор метиленового синего (красителя и антисептика).