Если Вы имели в виду город, где меньше всего гомофобов в процентах от всех горожан, то думаю, это Москва с пригородами, Санкт-Петербург. Чтобы сказать где больше, а где меньше, нужна статистика, которую вряд ли кто-то собирал.
Интересна точка зрения ЛГБТ-активиста Николай Алексеева:
"По словам Алексеева, жители северных районов терпимее, чем их соотечественники из южных районов. Самыми толерантными городами в РФ можно назвать Архангельск, Мурманск и Санкт-Петербург. Большая терпимость северных городов связана с нордическим характером и экономическим состоянием региона. Северные города, по его мнению, традиционно более благополучные места. Отмечается, что люди не интересуются чужой личной жизнь в городах с высоким уровнем жизни".