В прошлые века на деревянных кораблях действительно обитало много крыс. Они прятались, как правило, в труднодоступных местах, куда обычно никто не заглядывал. Если в этих местах появлялась вода, корабль давал течь, то, естественно, крысы спасались бегством. Это был очевидный сигнал, что корабль дает течь и может скоро утонуть.
Про особое чутье крыс - это просто байки.