-Уважаемый крестьянин, что это за деревня?
-Орлово
-А вот та, что за холмом как называется?
-Гнилолюдье это. Меня там в кабаке вчера в шею гнали.
Потом при планированном основании населенного пункта - название придумывал основатель, либо оставлял на усмотрение начальства.
Сейчас есть специальный орган: Топономическая комиссия. Она существует при каждом субъекте РФ. Правда решение носит рекомендательный характер. Утверждает название глава федеративной единицы.