В современных комиксах, как и предшествующих выпусках, у Бэтмена изображали белые прорези маски, вместо полноценно прорисованных глаз. Это смотрится более подходяще для персонажа, который держит в страхе весь преступный мир Готэма, к тому же нарисовать так гораздо проще. Поэтому предполагаю, что ответа на вопрос о макияже в комиксах не найти.
Если посмотреть на первые сериальные воплощения 40х и 60х, то Бэтмен не красит глаза. Эта "страсть" началась с фильма Тима Бёртона, и после этого подкрашивать глаза под маску гримеры стали каждому актеру, играющему Бэтмена.
Полагаю, так Бэтмену придали больше "готичности" в его образ, и если вы посмотрите версию 60х годов, то убедитесь в таком намерении режиссера. Однако авторы не поясняли как Бэтмен помимо надевания костюма успевает нанести макияж. Иначе это выглядело бы совсем не брутально (не забываем, Брюсу Уэйну где-то 33 года, он накаченный парень с совершенными навыками бойца и детектива) .
Даже в трейлере фильма "Бэтмен и Робин" (который считается наихудшим из полнометражек о Бэтмене) есть кадр где Робин надевает маску поверх уже накрашенных глаз. Поэтому скорее всего это просто эстетика, и никакого объяснения как Бэтмен и его помощники наносят макияж перед тем как выйти на улицу в костюмах нет.
К тому же, "образ подкрашенных глаз до границ маски" перенесли в серии игр Arkham (только у Бэтгерл был обычный макияж без излишнего smoky-eyes), а в новой игре Batman the Telltale series реализовали "светящиеся белые линзы" Бэтмена, входящие в его маску.
В мультфильме "Убийственная шутка" у Бэтмена также были белые прорези для глаз, однако Бэтгерл полноценно прорисовали глаза, к тому же кожа вокруг них не имела макияж, маскирующий кожу (в отличие от фильма "Бэтмен и Робин"). Это еще раз подтверждает зависимость образа от видения автора.