Никуда не деваются, остаются там же, только в составе другого вещества, чем в состоянии полной зарядки. Не знаю в подробностях химию аккумуляторов на основе лития, но про свинцово-кислотную батарею выше ответили внятно и точно. Принцип тот же, только вещества другие.