Вы правы в том, что only по своему происхождению это one + ly, а any — an/one + y.
Назвать сочетание only one „историческим плеоназмом“ при этом сложно, по двум причинам: сейчас это разные слова, а тогда в таком значении они не сополагались. То есть тут получается анахронизм такой. Словообразованием английский язык обогатился словом only с определённым значением, и наличие в нём „старого one“ уже не замечают говорящие. Only one — это не one ly one, и никогда таковым не было.
У вас очень интересные наблюдения, надо бы подписаться :)