правильно говорить "деньги пришли на счет"
Здесь мы подразумеваем движение из условной точки А в условную точку В.
Глагол "сесть" несет значение "изменения состояния".
Т.е. сначала стоял, а потом сел. Или может лежал, а потом (приподнялся и) сел на кровать.
И то, и другое является сленгом. В повседневной жизни можно говорить как Вам нравится, а в деловой беседе, особенно в переписке, я бы предпочла использовать выражение "поступили на счет".