Да, происхождение слова "пряник" непосредственно связано со словом "перец". Оно образовано от "пряный", которое, в свою очередь, появилось от "перец". На старорусском перец - пеперъ (на месте "е" должны быть "ять"), а пряный (пахучий, острый) - пеперянъ. В других языках название подобной выпечки также образовано от "перец".