Если вы создали виртуальнуб карту Пятерочки, установив приложение, то просто зайдите в личный кабинет. На главной странице шрих-код, предъявите на кассе и заранее скажите, что хотите списать баллы. Количество баллов Пятерочки карты так же видны в кабинете. Подробнее здесь читайте
Никакие баллы с виртуальной карты не списываются.