В принципе, можно использовать любые ноты, если у вас имеется уже опыт игры. А если опыта нет, то именно это вам и нужно. Ноты для блокфлейты часто оптимизированы для простых тональностей. Самая простая - соль мажор / ми минор и некоторые другие. Причем эти же тональности тоже удобны и на поперечной флейте. Так что двух мнений нет. Можно и нужно.
А как быть с атональной музыкой?