Здравствуйте! Насколько знаю, с двумя учетными записями на одном ПК можно работать такими способами:
Первая учетная запись подключена в программе Яндекс.Диск, вторая — в браузере. Самый просто способ.
По очереди выходить и входить из одной записи в другую в программе Яндекс.Диск, но синхронизироваться будет только один Диск — тот, чья учетная запись активна в этот момент. Выйти из учетной записи можно на вкладке основных настроек программы.
Я использую две программы, но с разными версиями прошивки. Работает не совсем прекрасно, но работает. Было бы классно если разработчики решили вопрос подключения к одному приложению несколько аккаунтов и привязке к разным папкам на пк